내년 R&D 세금감면 규모… 2022년에 못미쳐

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Live 중기 ㅣ 경제일반 내년 R&D 세금감면 규모… 2022년에 못미쳐 예산정책처 “조세지원 90%가 세액공제…다각 지원 검토해야”

기사입력2024-10-31 00:00

이창호 기자 (xg139@junggi.co.kr) ㅣ다른기사보기

내년도 R&D 분야의 세금감면 규모가 2022년에도 미치지 못하는 것으로 나타났다.

최근 국회예산정책처가 펴낸 ‘2025년 조세지출예산 분석’ 보고서에 따르면, 정부가 발표한 2025년도 조세지출예산서에서 조세특례제한법상 R&D에 대한 조세지출 규모는 3.7조원에 그쳤다.

조세지출은 모든 형태의 세금감면을 합친 것으로, 걷어야 할 세금을 면제해줘 사실상 정부지출과 같은 효과를 낸다.

조세지출예산서 상 연구개발 분야의 조세지출 규모는 2016년 2.4조원에서 2023년 5.1조원으로 연평균 5% 증가해왔다. 보고서는 “2020~2023년 사이에 반도체, 백신 등 국가 경제안보와 밀접한 관련이 있는 ‘국가전략기술’ 에 대한 R&D 조세지원이 신설됐고 이후 조세지원의 수준과 지원대상 기술의 범위가 연차적으로 확대된 점에 주로 기인한다”고 설명했다.

실제로 2021년 3조원 규모였던 R&D 분야 조세지출이 2022년 4.1조원에서 2023년 5.1조원으로 크게 뛰어올랐다.

2021년 3조원 규모였던 R&D 분야 조세지출은 2023년 5.1조원으로 크게 뛰어올랐으나, 올해에는 3.6조원으로 줄어들고 내년 역시 2022년보다 낮은 수준일 것으로 전망되고 있다. <이미지=이미지투데이>

하지만 2024년에는 조세지출 규모가 3.6조원으로 줄어들고, 내년도 역시 2022년보다 낮은 수준일 것으로 전망되고 있다.

보고서는 “R&D 분야 조세지출에서 큰 비중을 차지하는 ‘연구인력개발비에 대한 세액공제’의 국세 감면액이 2023년 실적 기준 4.6조원에서 2024년에는 3.0조원으로 1.6조원(36.1%) 감소할 것으로 전망되기 때문”이라고 풀이했다. 내년도에도 3.1조원으로 소폭 늘어나는데 그칠 전망이다.

조세지출과 재정지출을 합친 R&D 분야 전체 재정지출 역시 2024년 잠정치 기준 29.5조원, 2025년 조세지출 예산기준 32.8조원 규모로 축소될 전망이다. 2020년 27.3조원에서 2023년에는 36.2조원까지 확대됐으나, 올해 연구개발비 세액공제 실적 감소와 R&D 예산규모 감소 등의 영향으로 재정지출과 조세지출이 모두 감소세로 전환했다.

“R&D 정부지원, 소규모 혁신기업보다 기존 일반기업에 유리”

보고서는 내년도 조세지출예산서 상 연구개발 분야 조세지출 19개 항목의 국세 감면액 중 약 90.7%가 세액공제·감면 방식에 의한 것이라며 “우리나라 R&D 조세지원의 경우 세액공제·감면 방식의 활용도가 높게 나타난다”고 지적했다.

반면 OECD 국가의 R&D 투자에 대한 조세지원 방식은 세액공제뿐 아니라 소득공제 방식의 활용도가 높게 나타나며, 가속 감가상각과 부수 비용에 대한 세제지원도 활용되는 모습이라고 했다.

세액공제 및 세액감면 방식의 조세지원의 문제점은, 매년 일정 규모 이상의 납부세액이 안정적으로 발생하는 기업이어야만 조세지원의 수혜를 받게 된다는 점이다. 실제로 가장 대표적인 ‘연구인력개발비 세액공제’의 경우 2023년 신고기준으로 대기업(상호출자제한기업)의 공제세액비중이 전체의 54.9%에 달했다. R&D 관련 통합투자세액공제 중 대기업의 공제세액 비중은 62.0%로 더 높았다.

보고서에 따르면 2023년 OECD는 “R&D 정부지원이 소규모 혁신기업보다 기존 일반기업에게 유리하게 작동하는 경향이 있음을 지적”했다. 또 “우리나라의 R&D 지원이 혁신성이 높은 서비스 부문을 중심으로 하는 소기업에 초점을 맞추는 한편 스타트업 기업 등에 유리한 이월공제 및 현금 환급 방식의 조세지원 방식을 활용할 것을 고려해야 한다”는 제언을 내놓았다.

아울러 “한국은 R&D 세액공제에 있어 대기업-중소기업, 학계-기업간 협업에 대한 인센티브가 부재하며, 협업 방식의 기술개발에 대한 우대 정책이 도입될 필요가 있다”고 권고했다.

보고서는 “R&D 조세지원의 효과성 제고를 위해서는 혁신기업 및 연구개발 집약도가 높은 창업 초기 단계 기업에 대한 고려가 마련돼야 할 것”이라고 짚었다.

또 “창업 초기는 적극적인 R&D 투자가 실시되는 단계로 개발 성공에 따른 수익 창출이 발생하기 어렵기 때문에 현재와 같은 세액공제 방식의 조세지원의 수혜대상이 될 수 없다”며 “이러한 점을 감안해 주요국 사례와 같이 R&D 투자에 대한 가속 감가상각을 통한 비용처리 지원, 이월공제 및 환급 방식의 적용, 특허에 대한 인센티브 등 보다 다각적인 지원 방식을 검토할 필요가 있다”고 강조했다. 중기이코노미 이창호 기자